4.2 One-way ANOVA

  • Eerste stap is het fitten van het model met de functie lm().
  • Tweede stap is de output bekijken met anova()(anovatabel) of summary() (uitgebreidere output).
  • Eventuele derde stap is een Posthoc-toets.

Als voorbeeld gebruiken we een dataset van R waarbij de plantengroei van drie groepen is vergeleken (controle, behandeling 1, behandeling 2):

data("PlantGrowth")
fit <- lm(weight ~ group, data = PlantGrowth)
summary(fit)

Met bovenstaande code voer je de eerste twee stappen uit.

4.2.1 Posthoc-toets

Met een posthoc-toets kan je checken welke groepen van elkaar verschillen. In de basisfuncties van R zitten wel verschillende posthoc-toetsen, maar het is eenvoudiger om de package emmeans te gebruiken.

Heb je die nog niet geïnstalleerd, doe dat dan met de volgende functie:

install.packages("emmeans")

Voor de volgende toetsen moet je de package emmeans geladen hebben:

library(emmeans)
## Warning: package 'emmeans' was built under R version 4.1.3

De meestgebruikte Posthoc-toets is waarschijnljk de Tukey HSD. Voorwaarde is dat de verschillende groepen (ongeveer) even groot zijn:

emmeans(fit, specs = pairwise ~ group)

NB: voor group vul je de naam van de verklarende variabele(n) die je wilt testen in een Posthoctoets.

Standaard corrigeert emmeans via TukeyHSD. Heb je geen gelijke groepen, moet je voorzichtiger zijn en wordt Bonferroni aangeraden. Dat doe je op de volgende manier:

emmeans(fit, specs = pairwise ~ group, adjust = "bonf")

Vaak wil je niet alle behandelingen met elkaar vergelijken, maar alleen met een controle (bijvoorbeeld nieuwe medicijnen t.o.v. een bestaand medicijn). Dan kan je de Dunnet’s test gebruiken:

emmeans(fit, specs = trt.vs.ctrl ~ group)

De functie pakt automatisch de eerste categorie.

Met het argument ref kan je aangeven welke categorie je als controle wilt. In onderstaand geval willen we de tweede categorie als controle:

emmeans(fit, specs = trt.vs.ctrl ~ group, ref = 2)

Wil je de laatse categorie als controle, dan moet je k achter ctrl zetten:

emmeans(fit, specs = trt.vs.ctrlk ~ group)